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卢本卓——生物计算研究专家卢本卓——中国科学院计算数学与科学工程计算研究所研究员

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最后更新: 2015-04-13
 
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 卢本卓——生物计算研究专家卢本卓——中国科学院计算数学与科学工程计算研究所研究员 

专家信息:

卢本卓,男,博士,现任中国科学院计算数学与科学工程计算研究所研究员。

教育及工作经历:

1989年至1993年华东师范大学物理学,学士。

1993年至1997年云南农业大学,助教。

1997年至2002年中国科技大学生物化学与分子生物学,博士。

1999年6月至1999年9月意大利底里亚斯特国际理论物理中心(ICTP),访问学生。  

2003年至2006年加州大学圣地亚哥分校化学与生物化学系,博士后。  

2006年至2008年霍华德休斯医学研究所,研究人员。 

2008年至今中国科学院计算数学与科学工程计算研究所,副研究员。

社会任职:

1. 美国生物物理学会,化学学会,蛋白质学会,北京计算数学学会等成员。

2. 法国国家研究署基金评审。

3. Journal of Computational Physics, Biophysical Journal, Physical Chemistry Chemical Physics, Journal of Chem. Phys., Communications in Computational Physics, Journal of Phys. Chem. A, B.等的审稿人。

教学情况:

主讲课程:

本科生“普通物理”、“高等数学”。

博士生“生物分子的模拟与计算”。

培养研究生情况:

资料更新中……

科学研究:

研究方向:

主要从事生物计算与模拟的研究。

承担科研项目情况:

1. 生物分子模拟的连续模型与计算方法。

资料更新中……

科研成果:

资料更新中……

论文专著:

资料更新中……

出版专著:

资料更新中……

发表论文:

资料更新中……

学术交流:

1. "Accelerating computations to order N for electrostatic interactions of biomolecular systems" on Sep. 11, 2006 at the 232nd ACS National Meeting, San Francisco, CA, September 10-14, 2006.

2. "Electrostatics, density distribution, and diffusion - A continuum modeling frame with realistic spatiotemporal resolution" on March 7, 2007 at the Biophysical Society 51st Annual Meeting . Baltimore, Maryland, MD, March 3-7, 2007.

3. "Molecular Simulations of Protein Kinase A: Release of ADP from the catalytic subunit of PKA: A MD simulation study" on July 12, 2005 at ICAM Frontiers of Science Symposium: Signal Transduction and Protein Phosphorylation, UC San Diego, CA.

4. "Toward more efficient and accurate continuum modeling",2007-12-22,北京工业大学。

5. “Modeling non-uniform particle size effects in electro-diffusion framework”,Minisymposium on Mathematics in Materials Science, National Center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences, Beijing, China,9.19, 2011.

6. “求解生物分子静电PB方程的边界元方法及其加速”,稠密矩阵方程的快速计算方法研讨会,河海大学工程与科学数值模拟软件中心,Nanjing, China,2011,10月8日。

7. 2009 SIAM Annual Meeting, July 6-10, Denver, Colorado, July 10, 2009.

8. 2011, May 2, ?Department of Mathematical Sciences, Delaware State Univesity, Dover, USA.

9. 2011, May 29, 武汉大学物理科学与技术学院,武汉,中国。

10. Continuum modeling of electrodiffusion around single molecule, KITPC Workshop on "Dynamics and Biomolecular Machinery", Jul 29-Aug 10, 2009, 中国科学院-卡弗里理论物理研究所(Kavli Institute for Theoretical Physics),2009-7-29.

11. Continuum modeling of electrodiffusion: from equlibrium to nonequilibrium states,Dept. of Molecular Biology & Biochemistry, University of California at Irvine, 4/25/08.

12. CTW: Modeling and computation of biomolecular structure and dynamics, April 25-29, 2011, Mathematical Biosciences Institute, The Ohio State University, USA.

13. Cyberinfrastructure and multiscale modeling approaches,NBCR (National Biomedical Computation Resource) Summer Institute 2006, La Jolla, California, August 7-11 August, 2006, weblink: http://nbcr.net/si/2006/contact.php (Instructor).

14. Fully-continuum diffusion -- the Poisson-Nernst-Planck model and some extensions, the 2008 CTBP Summer School, Coarse-Grained Physical Modeling of Biological Systems: Advanced Theory and Methods, San Diego, CA, August 11-15, 2008.

15. Informal Seminars on Mathematics and Biochemistry-Biophysics, "Boundary integral methods for electrostatics in biomolecules: An overview", 4/8/08, 2008; And "Electrodiffusion", 10/2/07, 2007. Department of Mathematics, UCSD.

16. Modelling of Electrostatics and Diffusion Processes in Biological Systems, Frontiers in Science (FIS) program -- Integrated Physics, Biology, Chemistry, Mathematics and Computer Science, a CTBP-CSUSM Seminar Series, California State University San Marcos, Sept. 25, 2008.

17. Poisson-Boltzmann静电作用的计算,苏州大学数学院,2010年4月7日,苏州。

18. The 2nd Annual International Conference on Computational and Systems Biology (ICCSB2010), Oct. 22-24, 2010,杭州,中国。

19. 第二届国际生物软件会议 The 2nd Annual World Bio-Soft Forum (Bio-Soft 2010),June 23-25,2010,大连,中国。

20. 分子尺度上的电扩散过程模拟, 苏州大学系统生物学研究中心,2010年11月18日,苏州。

21. 分子模拟中的连续模型方法,上海交通大学致远学院,2010年12月17日,上海。

22. 分子模拟中的自由能计算方法,北京基因研究所, 中国科学院, 北京,2009-5-8。

23. 国际生物分子连续模拟方法会议(WCMB),中国科学院数学与系统科学研究院,2009年9月14-17日,北京。

24. 国家数学与生物医学交叉中心与科学院-马普计算生物所联合研讨会,2010年12月28-30,上海。

25. 计算与应用数学前沿研讨会,2009年8月9-10日, 清华大学,北京,2009。

26. 离散与连续的分子动力学模拟,2007-12-17,武汉物理数学研究所。

27. 生物分子的连续模型模拟方法,北京大学数学学院,2009-3-17。

28. 生物分子模拟技术中一些发展、改进和应用,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,北京,2008十二月11日。

29. 生物分子溶液中离子尺寸效应模型和计算,统计物理与复杂系统研讨会(理论物理研究所主办),2010年12月5-8日,北京。

30. 生物分子体系的电扩散模型, 清华大学周培源应用数学中心,2008-12-15。

31. 实践引导的数学---分子模拟中的几个例子,青年科研人员联合会 报告,中国科学院数学与系统科学研究院,2010年5月28日,北京。

32. 序列报告(I,II,III),计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,北京,2008十二月8,11,17日。

33. 真实蛋白质折叠的一个优化方法,2002-3-30,第七届海内外生命科学研讨会,军事医学科学院,北京,中国。

荣誉奖励:

资料更新中…… 

 

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