加工成本攀升，拉低了肥料产品的性价比，却抬高了该产业的进入门槛。这是有机肥产业拉垮的重要原因。
产品性价比差。主流工艺制造的有机肥被公认是粗、重、慢，到农民手上每吨在800至1000元之间，农民把它与化肥价格相比，就选择不买或少买。在农业劳动力成本飙升的当下，有机肥更难进入大棚和山区果园、茶园。市场需求不旺，使有机肥市场一直不温不火，多数生产企业在没有政府补贴的情况下，基本就不能生存。
生产环境污染严重。这类有机肥厂厂区臭气熏人，苍蝇成群。尤其是生产车间更是污染的重灾区：臭气刺鼻、粉尘弥漫、噪声震