又必然要增加广大植棉农民的负担，加剧制种企业与植棉农民的矛盾。
违规棉种增多市场秩序混乱
由于杂交棉种价格相对要高，有的一些小型种业套用名牌品种，装入假货赚取非法利润，坑害农民；有的用杂交一代与二代混装，冒充一代棉种忽悠农民，有的甚至用二代充当一代，谋取高额利润；有的种子经销商出于对某些名牌品种的嫉妒心理，从甲地套购棉种到乙地恶意杀价，造成市场混乱，使名牌棉种遭致贬值。
种植导向不一农民把握不定
由于植棉比较效益下降，杂交棉种价格较高，制种用工又比其它作物制种要多，有的专家提出今后调减杂交棉，多